Gemäß der Vereinssatzung wurde der heutige Verein im Jahr 2000 als FC Gütersloh 2000 gegründet. Der Bestandteil „2000" wurde im Jahr 2017 aus dem Vereinsnamen gestrichen. Der neugegründete Verein ist offiziell eine Fusion mit dem im Jahr 1978 gegründeten FC Gütersloh, so dass die Spielklassen (nach Insolvenz des Alt-Vereins) übernommen werden konnten.

Der „Fußballclub Gütersloh" ist im Jahr 1978 aus einer Fusion der Vereine SV Arminia Gütersloh und DJK Gütersloh entstanden. Die „Sportvereinigung Arminia Gütersloh" ist nach dem zweiten Weltkrieg im Jahr 1945 aus einer Fusion der Vereine SV Gütersloh und SV Arminia Gütersloh entstanden. Die „Sportvereinigung Gütersloh" wurde im Jahr 1918 gegründet. Der „Sportverein Arminia Gütersloh" ist im Jahr 1933 aus einer Fusion der Vereine Deutscher SC Gütersloh und SuS Gütersloh entstanden. Der „Deutsche Sportclub Gütersloh" war im Jahr 1925 eine Abspaltung aus der Sportvereinigung Gütersloh. Der „Spiel und Sport Gütersloh" war im Jahr 1923 eine Abspaltung aus dem „Gütersloher Turnverein" (von 1879).

Der Verein „DJK Gütersloh" ist ursprünglich im Jahr 1923 gegründet worden. Nach einer Umbenennung in „Verein für Körperpflege Gütersloh" schloss man sich im Jahr 1935 dem „Sportverein Arminia Gütersloh" an. Dieser fusionierte wie oben genannt nach dem zweiten Weltkrieg zur Sportvereinigung Arminia Gütersloh, aus der sich im Jahr 1953 die Vereine DJK BW Gütersloh und DJK Gütersloh-Süd wieder abspalteten und im Jahr 1963 zum DJK Gütersloh fusionierten.